Biura podróży sprzedające bilety kolejowe PKP IC, ale nie będące agentami, rozliczają się z PKP za pomocą faktur jednostkowych, pobieranych ze strony PKP IC. eKNF jest wyposażony w mechanizm automatycznego importu takich faktur, oraz wiązania ich z biletami kolejowymi, których dotyczą. Przyspiesza to znacznie rozliczanie takich transakcji, i obniża koszty działalności biura.
Faktury PKP IC są pobierane automatycznie, razem z biletami, których dotyczą, i dostępne w module Kancelaria, gdzie można też zweryfikować, których biletów dotyczą, i czy zostały poprawnie powiązane.
Na poniższym przykładzie w oknie Kancelarii elektronicznej widać serię faktur kolejowych (o typie faktury mówi ikona w kolumnie Typ RGB). Faktury zostały automatycznie powiązane z biletami, których dotyczą. (numery biletów są widoczne w kolumnie RGB Numer biletu)
eKNF archiwizuje też oryginały faktur w postaci plików PDF. Są one dostępne po kliknięciu na ikonę spinacza w kolumnie Załącznik: