Agenci IATA uwierzytelniają się w KSeF wytworzonymi przez siebie certyfikatami. Do wystawiania faktur w imieniu linii lotniczej (czyli takich, na których sprzedawcą jest linia lotnicza) potrzebują stosownych uprawnień, które linia lotnicza musi im nadać. Nadawanie uprawnień odbywa się w Module Certyfikatów i Uprawnień (MCU).
Agenci IATA będący osobami prawnymi (np.: spółki) lub inne podmioty posługujące się elektroniczną pieczęcią NIP, uwierzytelniają się w KSeF numerem NIP. W takich przypadkach linia lotnicza nadaje im uprawnienie “Podmiotowi do wystawiania i przeglądania faktur” (podając ich NIP i nazwę). Przy czym uprawnienie to należy ograniczyć tylko do “wystawiania faktur” (niżej, na tej samej stronie).
Agenci IATA niebędący osobami prawnymi (np.: jednoosobowe działalności gospodarcze, lub spółki osobowe, takie jak spółka cywilna) i nieposiadający elektronicznej pieczęci NIP, uwierzytelniają się w KSeF numerem PESEL. O tym, jak biuro podróży może upewnić się, którym identyfikatorem (NIPem czy PESELem) posługuje się w czasie uwierzytelniania w KSeF, piszemy więcej na tej stronie.
W tym przypadku istnieją dwie możliwe ścieżki nadania uprawnień niezbędnych do wystawiania faktur w imieniu linii lotniczej: Na PESEL lub na NIP. Uprawnienia nadane na NIP są łatwiejsze w późniejszym zarządzaniu, ponieważ nie wymagają aktualizacji uprawnień za każdym razem, gdy zmienia się certyfikat po stronie Agenta i nie wymagają przekazywania numerów PESEL między podmiotami (RODO!), Wymagają jednak wykonania jednego dodatkowego kroku po stronie Agenta: wewnętrznego nadania uprawnień w module certyfikatów i uprawnień KSeF.